L’Expédition Pelagos a offert à plusieurs équipes la possibilité de consacrer des semaines en mer à des recherches spécifiques. Parmi ces travaux, un inventaire inédit de la biodiversité marine a été réalisé grâce à l’ADN environnemental.
Contexte et Objectifs
La stratégie nationale biodiversité à horizon 2030 (SNB 2021-2030) a pour ambition de mener à bien le premier recensement complet de la biodiversité nationale d’ici 2027, en France et dans les territoires d’outre-mer, en utilisant les nouvelles technologies comme le metabarcoding de l’ADN. En été 2023, l’Expédition Pelagos a contribué au plus grand recensement de la biodiversité marine jamais effectué, illustrant ainsi une belle collaboration scientifique entre diverses entités pour un résultat prometteur.
L’objectif de BiodivMed 2023 était de créer un inventaire synchronisé et standardisé du vivant. Autrement dit, tous les participants devaient travailler de manière homogène, en utilisant les mêmes méthodes dans un délai restreint. Leur mission : cartographier la biodiversité marine des côtes méditerranéennes françaises et du sanctuaire Pelagos, incluant les lagunes, ports et embouchures de fleuves. Au total, plus de 2 000 kilomètres ont été parcourus par les équipes, avec 700 échantillons collectés entre mai et septembre 2023.
La Genèse de BiodivMed
Pierre Boissery, expert mer à l’Agence de l’eau Rhône-Méditerranée-Corse, explique que plusieurs projets de recensement utilisant l’ADN environnemental étaient en cours, ce qui a conduit à l’idée de rassembler toutes ces initiatives sous la bannière de BiodivMed. Celui-ci a permis la collecte de 700 points de prélèvement réalisés dans un laps de temps très court, principalement en moins de trois mois, faisant de cette opération la plus importante de ce type à l’échelle mondiale.
Les Acteurs Clés du Projet
Pour garantir le succès du projet, différentes entités ont exploré diverses zones. Andromède Océanologie a pris en charge le tour de la Corse, Océanoscientific a supervisé le suivi côtier des régions PACA et Occitanie, le laboratoire CEFE a étudié les ports et lagunes, et We are Méditerranée a assuré la surveillance des eaux entre la Corse et le continent, dans le triangle du sanctuaire Pelagos. Selon Pierre Boissery, l’objectif visait un screening général, en combinant inventaires visuels et prélèvements.
Prélèvements au Sein du Sanctuaire
David Mouillot, professeur à l’Université de Montpellier au laboratoire MARBEC, coordonne toutes les opérations du programme. Dans le sanctuaire Pelagos, environ 30 points de prélèvement ont été réalisés de manière systématique pour obtenir un maillage exhaustif. Le but ultime serait de créer des Aires Marines Sentinelles pour suivre l’évolution de la biodiversité.
Mouillot souligne que le projet se distingue par la collecte de grands volumes d’eau, environ trente litres par échantillon, comparé à un ou deux litres souvent utilisés dans ce type de recherches. Cela permet d’augmenter significativement la quantité d’informations recueillies. Lors de l’Expédition Pelagos, Laure Vélez, ingénieure à l’Université de Montpellier, a formé l’équipe à la collecte et au filtrage de l’eau de mer selon des protocoles précis, garantissant ainsi l’intégrité des échantillons. Ces derniers, ramenés à terre, ont été analysés par les laboratoires CEFE et MARBEC en collaboration avec Spygen, qui a contribué à identifier les différentes espèces à l’aide des bases de données mondiales.
Une Méthode Non Invasive
Cette méthode présente un avantage majeur : elle ne nécessite pas de contact direct avec les animaux, évitant ainsi les captures et prélèvements nocifs. En 2024, Mouillot souligne qu’il est crucial de délaisser les méthodes invasives pour faire progresser la recherche. Les avancées en ADN environnemental permettent désormais d’étudier les espèces marines sans les déranger, ce qui était auparavant impossible. Grâce à l’analyse de l’ADN nucléaire, qui fournit dix fois plus d’informations qu’un simple ADN mitochondrial, les chercheurs peuvent désormais identifier des individus et mieux comprendre la dynamique des populations.
Découvertes Encouragentes
Au cours de cette campagne, dont les résultats seront officiellement présentés le 22 mai lors de Planète Océan à Montpellier, l’équipe a fait quelques découvertes surprenantes. Parmi elles, la présence d’anges de mer communs (Squatina squatina) autour de la Corse, dans des zones auparavant non recensées. Bien que cette espèce soit en danger critique d’extinction, son identification dans de nouveaux habitats constitue un espoir fort pour sa survie. Mouillot souligne que les données recueillies visent à favoriser des mesures de protection, notamment la création de nouvelles aires marines protégées pour les espèces vulnérables.
La première cartographie de la biodiversité marine sera disponible dans quelques mois sur les plateformes cartographiques MEDTRIX et Vigilife Maps, où chaque point de prélèvement sera géo-référencé et contiendra des informations sur les espèces identifiées par la technique de l’ADN environnemental.
En Résumé
L’ADN environnemental repose sur le principe que chaque être vivant laisse des traces dans son environnement, détectables par l’analyse de l’eau, permettant ainsi de déterminer la présence d’espèces sans nécessiter d’observation. Cette méthode représente un tournant crucial dans la préservation de la biodiversité marine et le développement de la recherche scientifique.
Cet article, initialement écrit par Isabelle Croizeau pour l’édition papier de PLONGEZ!, a été adapté pour le web.
